안녕하세요. 병의원 전문 세무컨설팅그룹 위너스입니다.
지난 8월 3일 발표된 '2026년 세제개편안'이 입법예고와 부처 협의를 거쳐 9월 1일 국무회의에서 '정부 최종안'으로 확정되었습니다.
이번 칼럼에서는 그 중 '병의원 원장님들께서 관심 가지실 만한 항목 12가지'를 핵심만 간추려 정리해 드리겠습니다.
2026년 세제개편안
2027년 시행 예정(적용시기 참고 부탁드립니다.)
1. 친환경 업무용 승용차 감가상각비 한도 조정
현재 '업무용 승용차의 감가상각비 비용처리 한도'는 1대당 연 800만원입니다. 정부안은 '2027년 이후 새로 취득하거나 임차하는 차량부터' '전기·수소차'는 연 1,000만원으로 높이고 '그 밖의 승용차(하이브리드·내연기관차 등)'는 연 700만원으로 낮추는 내용입니다.
(적용시기) -> 2027.1.1. 이후 신규 취득·임차분
2. 생산적금융 ISA 신설
'국내 상장주식, 국내 주식형 펀드, 국민성장펀드, 기업성장집합투자기구 등에 투자'하는 ‘생산적금융 ISA’가 새로 도입될 예정입니다. '이자·배당소득에 비과세 혜택을 부여'하고 '납입한도'는 연 2,000만원 · 총 2억원입니다. 9월 1일 정부 확정안에서는 당초 총 10년으로 두려던 계약기간 제한을 없애 '최소 3년만 유지'하도록 했고 쓰지 않은 '연간 납입한도는 다음 해로 이월'할 수 있게 했습니다. 2029년 말 일몰기한도 삭제됐습니다. 일정 소득 이하 '청년에게는 납입액의 10% 소득공제를 추가로 적용하며 청년미래적금과의 중복가입도 허용'하는 방향입니다. 직전 3개 과세기간 중 금융소득종합과세 대상이었던 경우에는 가입이 제한됩니다.
(적용시기) -> 2027.1.1. 이후 신규 가입분
3. 종합소득 기본공제 가족 소득요건 완화
'배우자와 부양가족에 대한 종합소득 기본공제(1인당 150만원) 소득요건이 완화'됩니다. 현행 연간 소득금액 100만원 이하 기준이 300만원 이하로 올라가고 '근로소득만 있는 경우'에는 총급여 기준이 500만원 이하에서 750만원 이하로 높아집니다.
(적용시기) -> 2027.1.1. 이후 개시하는 과세기간
4. 성실사업자·성실신고확인대상자 의료비·교육비 세액공제 연장
조세특례제한법상 '성실사업자와 성실신고확인대상자가 적용받는 의료비·교육비 세액공제의 적용기한'이 2026년 말에서 2029년 말까지 3년 연장됩니다. '의료비'는 '사업소득금액의 3%를 초과한 금액에 대해' 원칙적으로 15%(미숙아·선천성이상아 20%, 난임시술비 30%), '교육비'는 15%의 세액공제율을 유지합니다.
(적용기한) -> 2029.12.31.까지
5. 출산지원금 근로소득세 비과세 적용기간 확대
'사용자'가 공통 지급규정에 따라 '근로자 본인 또는 배우자의 출산과 관련해 지급하는 출산지원금'은 일정 요건을 충족하면 '근로소득세가 비과세'됩니다. 현재는 '자녀 출생일 이후 2년 이내 지급분'이 대상이지만 개정안은 ‘임신일부터 출생일 이후 2년 이내’로 지급 가능 기간을 넓힙니다. '자녀당 최대 2회 지급 제한은 유지'됩니다.
(적용시기) -> 2027.1.1. 이후 지급분
6. 주택 양도세 장기보유특별공제 개편
'주택'에 대한 '장기보유특별공제'는 ‘장기거주 소득공제’로 개편되면서 실제 거주기간의 비중이 커집니다. '1세대 1주택'은 '2028년 양도분'부터 거주 연 6%(최대 60%)와 보유 연 2%(최대 20%)를 적용하고 '2029년 이후'에는 보유기간 공제를 없애고 거주기간에 대해서만 연 8%(최대 80%)를 적용하는 방향입니다. 공제금액에도 '인별·물건별 한도'를 두어 '2028년'은 각각 20억원, '2029년 이후'는 각각 10억원으로 제한합니다.
'다주택자'는 '2029년부터' '2년 이상 실제 거주'해야만 공제(연2%·최대30%)를 받을 수 있게 됩니다.
(적용시기) -> 2028.1.1. 이후 양도분
7. 종합부동산세 개편
종합부동산세는 실거주 1주택을 우대하면서 고가주택·다주택에 대한 과세를 조정하는 방향입니다. '1세대 1주택자'의 과세대상 기준은 공시가격 14억원 초과로 조정하고, 기본공제는 실제 거주하는 '1주택'은 14억원으로 높입니다. 반면 8월 발표안에서 9억원으로 낮추려 했던 비거주 '1주택 기본공제'는 9월 1일 정부 확정안에서 현행 12억원을 유지하는 것으로 수정됐습니다. '부부 공동명의 1주택'은 거주 시 각각 9억원, 비거주 시 각각 6억원의 기본공제를 적용하는 안입니다. '공정시장가액비율'은 2027년부터 70%로 높아지고, '일부 다주택·조정대상지역 보유자'는 2028년부터 80%가 적용될 예정입니다. 또 세부담 상한을 200%로 올리려던 안은 철회되어 현행 150%가 유지됩니다.
(적용시기) -> 원칙적으로 2027.1.1. 이후 납세의무 성립분
8. 장기거주 1주택 양도소득 기본공제 확대
현재 '부동산 양도소득 기본공제'는 연 250만원입니다. 정부안은 '10년 이상 거주'한 '1세대 1주택자가 양도가액' 30억원 이하의 주택을 양도하는 경우 기본공제를 연 2,500만원으로 확대합니다. '부부 공동명의라면 각각 적용할 수 있고 특수관계인 간 양도와 비거주자는 제외'됩니다. 여기서 30억원은 1세대 1주택 비과세 기준이 아니라 ‘기본공제 확대 대상 주택’의 가액 상한입니다.
(적용시기) -> 2027.1.1. 이후 양도분
9. 다주택자 조정대상지역 주택 양도세 중과 한시 완화
'보유기간이 2년 이상인 조정대상지역 주택을 양도하는 다주택자'에게 '2027~2028년 동안 중과세율을 한시적으로 낮춰 적용'합니다. '2주택자'는 '기본세율'에 2027년 +5%p, 2028년 +10%p를 더하고 '3주택 이상인 자'은 각각 +10%p, +15%p를 더합니다. '현행 중과세율'은 각각 +20%p, +30%p입니다.
(적용시기) -> 2027.1.1. 이후 양도분
10. 신용카드 매출 부가가치세 세액공제 축소
'신용카드 등 매출에 대한 기본공제율' 1.0%, 연 500만원 한도는 유지됩니다. 다만 '한시적 우대공제는 공제율'을 1.3%에서 1.2%로 낮추고 연간 공제한도도 1,000만원에서 500만원으로 줄이는 대신 '적용기한을 2029년 말까지 연장'합니다.
(적용시기) -> 2027.1.1. 이후 공급분
11. 통합고용세액공제 개편
'육아휴직 복귀자에 대한 중소기업 1인당 1,300만원 추가공제'는 '2026년 말로 적용기한이 종료'됩니다. 정부는 2027년 ‘행복한 일터 인증제’와 연계한 별도 세제지원 신설을 예고했습니다.
(적용시기) -> 2027.1.1. 이후 개시 과세연도를 최초 공제연도로 신청하는 분부터
12. 업무추진비 적격증빙 기준금액 상향
'적격증빙을 갖추지 못한 기업업무추진비'라도 '일정 금액 이하라면 비용으로 인정'받을 수 있는데 그 '건당 기준금액이 올라'갑니다. 경조금은 20만원 이하에서 30만원 이하로 경조금 외 업무추진비는 3만원 이하에서 5만원 이하로 '상향'됩니다.
(적용시기) -> 개정 시행령 시행일이 속하는 과세연도분
현재까지는 '정부확정안'일 뿐이고 국회 심사와 후속절차가 남아 있기 때문에 추후 변동사항이 생기면 다시 한번 정리해드리겠습니다.
관련된 '재정경제부', '대한민국 정책브리핑' 사이트 링크 걸어드렸으니 자세한 내용이 궁금하신 원장님들께서는 확인하실 수 있습니다.
감사합니다!
